Uno dei periodi più travagliati dello Ior, dall'era Marcinkus, è quello sotto la presidenza di Ettore Gotti Tedeschi, plenipotenziario in Italia del Banco Santander, vicino all'Opus Dei, finito con il dg Paolo Cipriani nell'inchiesta della Procura di Roma sulle presunte violazioni alle norme anti-riciclaggio nei rapporti tra Ior e banche italiane. Il 20 settembre 2010 vengono sequestrati dalla Procura (su segnalazione di Bankitalia) 23 milioni depositati su un conto del Credito Artigiano intestato allo Ior. Le operazioni incriminate sono trasferimenti ordinati dallo Ior di 20 milioni da un conto del Credito Valtellinese alla JP Morgan di Francoforte e di 3 milioni alla Banca del Fucino. Il denaro è stato poi dissequestrato, ma Gotti e Cipriani sono ancora indagati. Nel maggio 2012 Gotti Tedeschi è stato sfiduciato dal suo board, accusato di non svolgere con dedizione il suo ruolo e di far trapelare notizie riservate all'esterno. Subito dopo, su di lui sono cadute anche le perquisizioni nell'inchiesta Finmeccanica.
Mentre recentemente Gotti è stato interrogato anche dalla Procura di Siena nell'ambito dell'indagine sullo scandalo Montepaschi: e proprio in questa vicenda sono emersi possibili coinvolgimenti dello Ior. Questioni che restano aperte.- dal lunedì al venerdì dalle ore 10:00 alle ore 20:00
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